در مقطع کارشناسی ارشد، این رشته تا آزمون کارشناسی ارشد دارای ۱۲ گرایش است. این گرایش ها عبارتند از:
۱- سازه: مهندسی سازه در ارتباط با طراحی پل ها، ساختمان ها، .ساخت تاسیسات نفتی روی خشکی، سدها و غیره می باشد. اجزای تشکیل دهنده مهندسی ساختمان، طراحی، آنالیز سازه می باشد. این شامل محاسبه تنش ها و نیروهای فعال در ساختمان می شود. بعضی از مهندسین ساختمان در زمینه های گوناگون و متفاوت دیگر مشغول به کار می شوند. از قبیل طراحی هواپیما و فضاپیما و حتی وسایل پزشکی.
۲- مهندسی زلزله: با توجه به موقعیت و شرایط جغرافیایی ایران هم اکنون یکی از بخشهای اصلی در طرح و محاسبه ی سازه های مختلف بررسی سازه در مقابل زلزله می باشد. مبحث مهندسی زلزله بررسی رفتار سازه های مختلف ازجمله ساختمان ها، پل ها، سدها و … تحت زلزله و طراحی آن ها در مقابل زلزله می باشد. این گرایش در ارتباط بسیار نزدیک با مهندسی سازه است.
۳- مهندسی مدیریت ساخت: انجام مناسب و بهینه هر پروژه در گرو مدیریت صحیح و اصولی می باشد، به خصوص در پروژه های عمرانی که با بخش های مختلفی درارتباط است و معمولا افراد زیادی در آن فعالیت دارند، نقش مدیریت پررنگ تر می باشد. در این گرایش انواع روش های مدیریتی، پیمان ها و قراردادها، برآورد هزینه ها انواع روش های اجرایی مطرح می شوند.
۴- مکانیک خاک و پی: مهندسی ژئوتکنیک به خصوصیات و مشخصات خاک و فنداسیون و پی و دینامیک خاک ارتباط دارد. همچنین مباحث مربوط به تونل ها، سدهای خاکی و آزمایشگاه های مکانیک خاک در زمره فعالیت های مهندسی ژئوتکنیک قرار می گیرد.
۵- مهندسی محیط زیست: مهندسی محیط زیست درارتباط است با عملکرد مواد شیمیایی و زیست شناسی موجودات و یا اتلاف گرما و انرژی حرارتی، تصفیه و پالایش آب و هوا و اصلاح و بهبود محل و مکان هایی که در اثر ضرر و زیان های قبلی صدمه دیده اند.موضوعات تحت پوشش مهندسی محیط زیست عبارتنداز: تصفیه آب، دفع فاضلاب، مدیریت خسارت و صدمات و آسیب های پرخطر. مهندسی محیط زیست با هیدرولوژی و علم هواشناسی تا جایی که دانش راجع .به آب و جریانات و دانستن چگونگی انتقال آلوده کننده ها احتیاج و نیاز می باشد، ارتباط دارد. مهندسی محیط زیست همچنین شامل واکنش در برابرآلودگی صنعتی می باشد ، مهندسی محیط زیست بخش پیشرفته و مدرن بهداشت است.
۶- سازه های هیدرولیکی: مبحث مرتبط با حرکت و انتقال مایعات و بطور اخص آب است.این مبحث مهندسی بطور یقین ارتباط با طراحی پلها، سدها، کانال ها، اسکله ها پیدا می کند و همچنین ارتباط با هر دو موضوع مهندسی محیط زیست و بهداشت را نیز دارد. البته تاکید بیشتر این گرایش بر روی طراحی و محاسبه ی سازه های مرتبط با آب می باشد و مطالعات هیدرولوژیکی چندان در حیطه ی مباحث این گرایش نیست.
۷- سازه های دریایی: مهندسی سازه های دریایی در ارتباط با طراحی سازه های مختلف دریایی مانند انواع سکوها، اسکله ها و تاسیسات و تجهیزات بندری است.
۸- برنامه ریزی حمل و نقل: مهندسی حمل و نقل در ارتباط با تئوری صف بندی، جریان حرکت ترافیک، طرح هندسی راه و رفتار رانندگان می باشد.
۹- مهندسی آب و فاضلاب
۱۰- مهندسی رودخانه
۱۱- راه و ترابری: مهندسی راه و ترابری در ارتباط با روش های روسازی و زیرسازی و طرح هندسی انواع راه و مباحث مربوط به راه آهن و فرودگاه می باشد. بنابراین علاوه بر طراحی کامل راه های ارتباطی ماشین رو طراحی باند فرودگاه، برج های مراقبت و همچنین طرح کامل راه آهن اعم از مشخصات فنی و هندسی آن مورد توجه این گرایش است.
۱۲- مهندسی آب